5种诺莫图(列线图)教程:基于Cox比例风险模型
2.彩色条带式静态诺莫图
在之前的文章中已经介绍过VRPM程序包及其安装步骤,这里不再赘述。由于暂时还未找到将3个时间段的死亡预测放在一张图里,这里仅展示8年(96个月)内肿瘤患者生存概率(即1-死亡风险)的诺莫图。要注意的是,colplot接受的是coxph函数建立的模型,而且在使用coxph建立模型时要设置model=T,最后在输出图片时选择随访的时间(详见代码)。
#1.加载程序包
library(VRPM)
library(survival)
#2.使用coxph构建模型
Cox_nomo2
data=train_data,model=T)
#3.绘制彩色诺莫图
colplot(Cox_nomo2,coloroptions=2,
time=96,#设置随访时间为8年
risklabel="Probabilityofsurvival",
filename="ColorNomogram_8-Yr")
Figure2.彩色条带式静态诺莫图
3.线段式动态诺莫图
在regplot()中,我们可以通过选项failtime来设置随访时间,如failtime=c(36,60,96),设置随访时间为3年、5年和8年。在显示风格上,这次我们直接指定定量变量和定性变量的显示格式分别为“violin”和“boxes”。另外一点需要说明的是,当设置clickable=T时,我们可以在Rstudio中手动选择患者的不同特征,以查看不同特征患者的预测概率。因此,在不需要知道某一特定患者预测概率的情况下,我们可在选项observation中随意指定一个患者。
#1.加载程序包
library(regplot)
#2.构建模型
Cox_nomo3
data=train_data,x=T,y=T)
#3.绘制线段式诺莫图
regplot(Cox_nomo3,observation=train_data[4,],#指定某一患者,4即是选择数据集中第四位患者
interval="confidence",title="Nomogram",