2 浮游细菌的群落结构、丰富度和多样性去除嵌合体后，从Illumina Miseq测序中共获得556 188条序列。每个样品的覆盖率均超过99%，说明样品中存在的大多数微生物种类都被鉴定出来了。稀疏曲线趋于饱和，表明测序深度足以支持后续的分析。表2列出的微生物多样性指数包括群落丰富度指数（Ace， Chao）和群落多样性指数（Shannon， Simpson）。两种测量方法在主流和支流之间均未观察到显著差异（Mann-Whitney U检验，p > 0.5）。从图1可以看出，各采样点的群落多样性指数是动态分布的。H2的群落丰富度和多样性最大，Chao指数为2014.803，Shannon指数为5.529。结果表明，黑河支流浮游细菌的总体丰度高于干流。

表2.各采样点微生物多样性指数。

图1.在门水平上，每个取样的微生物类群组成。系统发育分类结果显示，所有样品中共有36个门，包括91纲、263目、441科和883属。图1显示了不同样本在门水平上的浮游细菌群落组成。在门水平上，在每个样本中鉴定出36个不同的细菌门。在所有采样点中，浮游细菌群落以变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）为主，这两个门的相对丰度分别为62.46%和20.07%。另外两个占有较大丰度的门为拟杆菌门（Bacteroidetes）（4.42%）和放线菌门（Actinobacteria）（4.40%）。变形菌门的平均相对丰度在主河道高于支流，而左图分析显示，主河道厚壁菌门的相对平均丰度（0.29%）明显低于支流（29%）（图2）。不同采样点类的分布情况见表S1。结果表明，最常见的类群为γ变形菌纲（43.84%）、杆菌纲（18.12%）和α变形菌纲（17.38%）。γ变形菌纲是黑河上游水体最大的优势类群，其相对丰度最高，为8.12%-62.26%。在属水平上，利用热图分析了不同采样点浮游细菌群落结构，除H2外，其余采样点均聚集在一起。如图2所示，H3、H5、H6、H8菌株的优势菌种为硫单胞菌和酸化杆菌。H5中硫单胞菌的相对丰度高达80.61%，H6中硫单胞菌的相对丰度为32.55%。H6中酸化杆菌的相对丰度为51.92%，H8中酸化杆菌的相对丰度为33.96%。H3中酸杆菌门的相对丰度为71.97%。H1采样点优势种为Rhodanobacter，其相对丰度为29.56%。