发病时的年龄、解剖缺陷、肾脏病的严重程度和尿路感染的疗效等决定着慢性肾盂肾炎的预后。

慢性肾盂肾炎一般不演变成为需作透析和肾移植的慢性肾功能衰竭，但治疗不彻底的婴幼儿慢性肾盂肾炎例外。