本病潜伏期为2-10天，一般2-3天。

普通型脑炎的临床表现：

冬春季节，以上呼吸道感染症状起病，骤起高热，头痛，颈项痛，呕吐，部分病人于第3-4日，出现口角周围疱疹。颈项强直、克氏及布氏等脑膜刺激征阳性。多数于起病数小时即见皮肤、粘膜出现瘀点、瘀斑，或伴斑丘疹样皮疹，呈暗红色或紫红色，大小不等，分布不均，多数压之不褪色。

暴发型流脑

休克型的临床表现：

急起高热头痛，精神极度萎靡，意识障碍，惊厥。全身瘀点瘀斑迅速扩大，甚至皮下出血或坏死。面色苍白，口唇青紫，四肢发凉，呼吸急促，脉搏细数，血压下降，脑膜刺激征缺如。

脑膜脑炎型的临床表现：

急起高热，剧烈头痛呕吐，躁动不安，频繁抽搐惊厥，迅速昏迷。心率，呼吸可缓慢，血压升高，瞳孔忽大忽小，边缘不整齐，对光反应迟钝或消失，呼吸不规则（双吸气、抽泣样、叹息样、潮式呼吸等）。