典型的沙眼在临床上容易诊断，轻型早期病例则较困难，易与其它结膜病相混淆，因为乳头滤泡并不是沙眼的特异性改变。1979年中华医学会眼科学会决定，沙眼的诊断依据为：

　　①上穹窿部和上睑结膜血管模糊充血，乳头增生或滤泡形成，或二者兼有。

　　②用放大镜或裂隙灯角膜显微镜检查可见角膜有血管翳。

　　③上穹窿部和上睑结膜出现瘢痕。

　　④结膜刮片找到沙眼包涵体。在第一项的基础上，兼有其他三项中之一者可以诊断为沙眼。