1、电离辐射不同

CT是X线电子计算机断层扫描，具有一定辐射，不同部位的辐射不同，平扫，增强和CTD辐射不同，磁共振将人体置于没有电离辐射的磁场中。

2、扫描速度不同

如今，64-320排螺旋CT和双源CT的成像速度越来越快，即使是头部、面部、颈部、胸部和整个腹部CT的增强扫描也只需几分钟。

然而磁共振成像速度较慢1.5t磁共振成像至少需要15~20分钟，才能对一个部位成像。

如果进行增强磁共振需要注射造影剂，这需要更多的时间，所以磁共振每天检查的患者数量非常有限。

3、成像原理不同

CT是通过球管传输X射线并穿透人体探测器可以检测X射线的衰减，并将其转化成像图信息。

磁共振是将人体置于磁场中，然后通过射频发生器发出射频脉冲的过程，射频脉冲激发人体内的不同组织，形成不同的弛豫时间，在收集这些数据之后进行极其复杂的计算形成图像。

4、成像参数不同

磁共振成像的成像参数是CT的数倍，并且软组织分辨率高，因此与软组织对比明显高于CT，并且血管的结构可以在没有血管造影剂的情况下显示，因此在区分血管肿块淋巴结以及血管结构方面有独特性。

近年来磁共振发展了许多功能成像，比如磁共振波谱，磁共振扩散张量成像，磁敏感成像，磁共振灌注成像等等。

5、人体组织的分辨率不同

磁共振软组织分辨率高于CT，但其空间分辨率低于CT，CT适用于与软组织和胸部相关的某些疾病并检查如骨折，颈椎和腰椎疾病及时胸部检查。

此外CT成像速度快可用于冠状动脉CTA检查，磁共振在显示大脑脊柱和脊髓病变方面优于CT。

6、适应不同的群体

除了孕妇任何人都可以做CT检查，磁共振机相当于一块巨大的磁铁，因此体内有心脏起搏器，胰岛素泵和一些金属异物的患者不能做磁共振检查。