在24份东方白鹳的样品，通过Illumina MiSeq平台降噪后，一共获得了平均长度为415bp的1,263,339条原始reads。比较24个样本的原始reads数量、碱基对数量和平均reads长度。序列的数量从42,700至70,383不等，并且在东方白鹳的粪便中，共鉴定出2,390个OTUs（以97%序列相似性为阈值）和43个细菌菌门。细菌α多样性指数，包括Sobs，Shannon，Chao1，ACE和Good’s coverage在表3中。W组（天津七里海湿地；2,134）中OTUs的数量远超过Z组（天津动物园；1,555），这两个组共享1,299个OTUs。W组和Z组的α多样性存在显著性差异（p < 0.05）。在24份粪便样品中平均Good’s coverage覆盖率为99.28 ± 1.57%（平均值±标准差），从而获得了粪便中大部分细菌的多样性，确保了分析的准确性（表3）。为了评估该研究测序深度是否足够估计肠道菌群的丰富度，研究人员计算了observed species的稀疏曲线。根据物种积累曲线和Good’s覆盖率估计值，曲线趋于逐渐平缓，说明采集的样本量足够大，可以鉴定出东方白鹳肠道中绝大部分的OTUs，高的Good’s覆盖率表明了在所有的样品中鉴定出大部分的细菌种类。

表3 东方白鹳各粪便样本中OTU丰富度及多样性指数

3 所有样品的细菌组成和相对丰度

按照97%的一致性上，在门、纲、目、科和属分类水平上概述了每个样品细菌组成。东方白鹳总体肠道微生物群为43个门，96个纲，188个目，338个科，675个属，1,222个种；不同分类水平的微生物组成分别如图1和补充图3-5所示。在门分类水平上，16S rRNA序列共注释出43个原核细菌菌门（图1A）。Z组的东方白鹳肠道菌群的优势菌门是厚壁菌门（Firmicutes，65.59%），放线菌门（Actinobacteria，17.23%）和变形菌门（Proteobacteria，10.48%）。这三个优势菌门占据了24份样品93.30%的序列，而未鉴定出细菌序列只占所有序列的0.01%（图1A）。W组东方白鹳的肠道菌群的优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes，28.43%）、变形菌门（Proteobacteria，23.58%）和放线菌门（Actinobacteria，14.71%）和未分类的细菌序列只占W组所有序列的0.04%（图1A）。在属分类水平上，15个菌属拥的丰度均大于2%（图1B）。在W组中优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus，8.33%），norank_f_Anaerolineaceae（5.92%），norank_f_Xanthomonadales_Incertae_Sedis （3.91%），norank_f_Bacteroidales_S24-7_group（3.38%），norank_c_Cyanobacteria（3.35%）和产硫酸杆菌属（Thiobacillus， 2.943%）。在Z组中的优势菌属为Paeniclostridium（23.82%），乳杆菌属（Lactobacillus，8.55%），消化链球菌属（Peptostreptococcus，7.78%），Clostridium_sensu_stricto_1（7.17%），放线菌属（Actinomyces，3.99%）和Romboutsia（3.77%）。平均相对丰度最高的10个菌属在表4中。在属分类水平上，24个样品的群落热图分析展示在图2A中。α多样性，指的是特定区域内的多样性，计算α多样性以检验了天津动物园和天津七里海湿地两组东方白鹳的差异。通过OTUs （Sobs和Chao指数）检验展示了W组的群落丰富度指数高于Z组，这表明了W组的肠道菌群有较高的丰富度。两组间的差异具有统计学意义（p < 0.05；图2B）。检验两组间的细菌群落多样性（香农指数），香农指数在W组中显著高于Z组。这表明了在菌群多样性W组和Z组之间有显著性差异（p < 0.05；图2C）。