如果说在汉代道教始创时期，道教与医学的紧密联系多是出于宣传教义、广纳教徒以扩大教势，明显地表现出一种以医传教的外在功利性目的的话，那么，随着魏晋时期葛洪神仙道教体系的建立，上清派、灵宝派的形成以及南北朝时期道教本身的进一步改造、完善，这种联系就成为道教自身发展所必不可缺少的内在要求了。

首先，东晋时期葛洪神仙道教理论的建立，使得道教基本教义从早期“去乱世、致太平”的救世学说发展成为专注于企求“长生久视”和“度世延年”，这在道教理论发展史上意义重大。这一转变的完成，使长生不死、羽化登仙成为道教的基本信仰和修炼追求的最终目的。为了达到修道长生的这一度世目的，首先要却病延年，《真诰》指出：夫学生之道，当先治病，不使体有虚邪及血少脑减，津液秽滞也。不先治病虽服食行炁无益于身。

由于医药的作用正是在于治病防病，延长人的寿命，故掌握一定的医药知识和技能是道徒进行“自救”并进而“济人”的基础和前提。因此，修“仙道”必须通“医道”。

其次，道教本着“内修金丹、外修道德”的宗教伦理实践要求，认为行医施药是一种济世利人的“上功”与“大德”，也是长生的一种先决条件，即所谓“欲求仙者，要当以忠孝和顺仁信为本。若德行不修，而但务方术，皆不得长生也。”葛洪从道教义理的角度和层次上，深刻阐明了医药在长生成仙、济世救人的修道实践活动中的重要意义，明确提出为道之人必须兼修医术的主张，得到道门中人的普遍认同。因此，随着魏晋南北朝时期道教的进一步发展，特别是上清派和灵宝派的相继出现，道教与医学的关系更加紧密。上清派、灵宝派的修持理论（尤其是上清派），是结合传统医学理论进行建构的。这一时期道教逐渐将医学这一手段运用的重心从“以医传教”转向“借医弘道”，这就从更深的层次上促进了道教与医学的交融。