猴痘病毒最新基因测序:温和西非株系 与三年前英国毒株相近
截止5月21日,来自葡萄牙、比利时、美国的三个研究小组分别公布了近期在全球多地暴发的猴痘(Monkeypox)疫情中感染者所携带病毒基因组序列草案。三份猴痘病毒(MPXV)的DNA序列初步显示同源,同属温和的西非株系,其与2018年和2019年在英国、新加坡和以色列发现的猴痘病毒关系密切。
此前世界卫生组织曾表示,猴痘病毒主要有两个分支:西非分支和刚果盆地分支。西非分支的致死率较低,大约1%的感染会导致死亡;刚果盆地分支则可以导致10%的死亡率。
根据世界卫生组织的最新统计,截止5月21日,已有12个非猴痘流行国家向世卫组织报告了129起猴痘确诊病例和28起疑似病例,预计全球猴痘确诊病例还会继续增加。
猴痘通常始于流感样症状和淋巴结肿大,症状通常与天花相似,但比天花症状温和。早期症状包括发烧、肌肉疼痛、发冷和疲劳。在更严重的情况下,通常会出现在面部和生殖器上的皮疹,类似于水痘和天花。疼痛和瘙痒的病灶可以在全身形成,最终成为结痂和脱落。
感染猴痘的人通常在感染后7到14天开始出现症状,病情通常会持续几个星期。世界卫生组织和美国疾病控制与预防中心都宣称,“尽管大多数人能从病毒中康复,但在某些情况下,它可能是危险的,甚至可以致命。”
当地时间5月19日,葡萄牙国家卫生研究所的约翰.保罗.戈麦斯(João Paulo Gomes)及其同事在(https://virological.org)网站上,以论文形式公布了团队5月4日对一名葡萄牙男性患者携带的猴痘病毒的基因组测序草案(PT0001)。这也是近期全球多地暴发猴痘疫情以来,第一份猴痘病毒最新基因组的测序结果。
团队用QIAamp DNA血液试剂盒(Qiagen)从患者皮肤渗出样品中提取出猴痘病毒的DNA,使用快速条形码测序试剂盒(SQK-RBK004),在Oxford Nanopore MinION平台上对病毒基因组进行了鸟枪法宏基因组测序。整个基因组的平均覆盖深度约为7倍。(覆盖深度,亦称测序深度,指每个碱基被测序的平均次数,即测序的数据总量与基因组大小的比值)随后,团队利用INSaFLU在线平台,将多个短基因片段(reads)映射到一个相关的参考基因组序列上(MN648051.1),并手动检查基因组序列以验证变异位置。公布的基因组草图序列覆盖了92%的参考序列。
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