然后，研究团队给果蝇饲喂不同的食物：给对照组的果蝇饲喂标准食物，而给另外两组的果蝇饲喂添加了果蝇肠道内常见细菌的食物，分别是醋酸杆菌和乳酸杆菌。

“这样做了之后，我们在某种程度上，能够将果蝇肠道微生物组的组成转变为以醋酸杆菌或乳酸杆菌为主。”当这些果蝇繁衍了五代之后，Rudman会回到桃园采集一些果蝇，进行基因测序。

2019年，该团队发表的研究结果清楚地表明，正如Rudman假设的那样：果蝇的多个种群之间已经彼此分化，几种乳酸杆菌饲喂的种群，与醋酸杆菌饲喂的种群，显示出了不同的等位基因频率。

最近，Rudman在华盛顿州立大学开设了自己的实验室。他解释道：“这样的种群变化，是适应最有力的证据之一。”

虽然他和他的同事们没有深入研究基因变异对果蝇表型的影响，但他们确实发现，这反映了在北美不同地理纬度的野生果蝇种群中观察到的变化，例如，在实验中，与乳酸杆菌饮食相关的等位基因频率，在栖息于高纬度地区的果蝇群中更高，而在那些果蝇的肠道中，乳酸杆菌也更为丰富。

这真的“让我们意识到（基因差异）是有意义的”，Rudman说。

康奈尔大学的进化生物学家AndrewMoeller说，迄今为止，这项研究“可能提供了最清晰的证据，证明了宿主对微生物组的适应性反应”。Moeller正在哺乳动物上研究类似的问题，并没有参与这项宾夕法尼亚大学的研究。

他说：“这有力地表明，果蝇等位基因频率的纬度梯度，至少在一定程度上，是由它们在不同纬度所接触到的不同微生物所引起的。”

越来越多的文献揭示了肠道微生物组在塑造物种遗传方面的作用，而上述这些发现也与之相吻合，但直到现在，这些文献依然在很大程度上被忽视了。

虽然很少有生物像快速生长的果蝇那样适于进化研究，但在过去的十年左右，许多其他物种的研究，也报道了关于动物及其微生物的共生系统发育模式——一种被称为“系统发育共生（phylosymbiosis）”的关系——科学家们已经记载了微生物组组成和宿主表型之间的各种关联。