在许多情况下，这些研究揭示了微生物组促使动物（包括人类）进化的惊人线索，在某些情况下，有些研究还指出了进化可能源于（至少部分）消化道微生物的特定适应性。

正如Rudman所说：“现在有足够的数据，无论是来自系统发育共生、微生物组组成的种内变异模式，还是我们在2019年做的实验，都表明了微生物组对宿主进化很重要，应该进行更深入地研究。”

RuthLey拥有进化生物学的博士学位，所以，21世纪初，当她在华盛顿大学医学院JeffreyGordon实验室做博士后，开始参与微生物组研究时，她不禁对肠道微生物的进化史感到好奇。

她说：“我们花了很多时间研究哺乳动物肠道微生物的系统发育树。那时我才真正开始思考它们是如何与宿主共同进化的。”

那时，微生物学家已经在研究微生物和宿主之间的共同进化关系，但通常是在致病情况或其他相对极端的生物关联中——例如，蚜虫和共生细菌Buchneraaphidicola，这种细菌可以合成对蚜虫代谢至关重要的氨基酸。

这些模式并不适用于哺乳动物和许多其他动物，因为哺乳动物和许多其他动物体内会定植大量无害的常驻细菌，而这些细菌对宿主的生存而言，并不具有必要性。

出于对“在这种生物伙伴关系中是否会发生共同进化”的兴趣，Ley和同事们决定研究整个哺乳动物分支。他们从包括人类在内的60种哺乳动物中取样，建立了肠道细菌的系统发育树，并将这些树叠加到哺乳动物的系统发育树上。

这项发表于2008年的研究结果显示了这些系统发育树之间的对应模式，粪便细菌谱系的节点和分支，与哺乳动物谱系趋于一致，这表明在数百万年的时间里，许多细菌会随着它们的哺乳动物宿主而变得多样化。

Moeller说，最近的研究也证实了类似的关系。系统发育共生关系“似乎在许多哺乳动物分支中都存在，其中的成分，还有……微生物组中个体谱系的进化史，都反映了宿主的系统发育。”