Moeller说，微生物组驱动的生态位扩张会如何影响宿主的遗传进化，这是一个比较棘手的问题。他说，理论上，微生物组可以缓冲宿主对新栖息地或环境变化的反应，这“实际上会减缓宿主自身的适应性反应。”

“换句话说，如果在面临一个新的环境时，你的微生物组可以非常迅速地做出改变，消除任何适应新环境带来的负面影响，这会消除了宿主群体在适应（遗传）方面的所有选择压力。”

不过，从长远来看，微生物组提供的利用新资源或在新环境中生存的能力，可能会对宿主的进化产生相当不同的后果。例如，这种能力使得饮食多样化成为可能，从而促进了物种之间的共存，否则就会造成资源的相互竞争。

美国和马达加斯加的研究人员已经引用了这一假说，来帮助解释四种近亲狐猴物种共存的现象：该团队在最近的一项研究中表示，不同的肠道微生物组组合有助于狐猴消化特定的食物，促进不同的行为，帮助维持岛上的物种多样性。

Ley说，在其他情况下，微生物组可能扮演“垫脚石”的角色——在宿主基因组“接管”某功能之前，先为宿主提供这种新功能，而当这种功能被宿主基因组接管时，其往往会对动物产生益处。

Ley一直在研究后一种现象在人类身上可能出现的情况，她表示，最令人信服的例子是成年人保留了乳糖消化酶，Ley说：“成年期的饮食中仍然有乳糖，这是一种非常奇怪的异常现象，只有人类才有。”

大多数哺乳动物只有在婴儿时期才需要消化乳糖，在此之后，编码乳糖酶的LCT基因的表达就沉默了。但是在一些人群中，特别是在北欧，LCT基因的突变，导致了该基因在成年期也有表达。Ley和其他人提出，人类微生物组在这一变化中发挥了重要作用。

研究人员猜测，由于存在可以消化乳糖的肠道微生物，所以早期缺乏乳糖酶的成年人依然能够利用乳糖，甚至从中获得一些能量，，Ley说：“微生物可以像发酵其他糖一样发酵它。”