虽然大多数实验都集中在啮齿类动物身上，但一些研究人员认为，人类也可能在进化过程中适应了我们的微生物组，最近人类肠道微生物组组成的快速变化，可能是西方工业化社会观察到的一些健康问题的原因。

例如，斯坦福大学微生物学家JustinSonnenburg提出，代谢综合征和肥胖等炎症性疾病的发病率不断上升，部分原因是人们当前的微生物组，与他们在过去几百万年进化过程中形成的微生物组间存在的“不匹配”。

他指出，这只是目前的假设。事实上，最近，有一些研究人员建议，在解释微生物组在人类疾病中的作用时，要更加谨慎，因为这一主题的大多数研究，都是基于观察性数据和动物研究。几个以医学为重点的微生物组研究团队，正在努力缩小这一差距。

另一种了解常驻细菌如何塑造物种进化轨迹的方法，是思考可能由宿主-微生物相互作用驱动的特定适应性宿主遗传变化。例如，如果Sonnenburg所描述的、关于“人类肠道菌群变化导致更常见炎症”的假说被证明是正确的，人类基因组可能会进行选择，以尽量减少这种变化的有害影响。

“你可以想象，随着时间的推移，我们会选择可以对抗基因组中某些促炎的等位基因。并且随着时间的流逝，我们将适应一种新的人类基因组-微生物组平衡。”

研究人员还对其他情况感兴趣，比如微生物组可能会帮助宿主发展出一些新的功能，或适应新的环境或生态位——例如，消化特定的新的食物来源，或更好地抵御特定病原体。

事实上，众所周知，微生物仅仅通过在肠道中执行某些化学功能，就可以扩大宿主的饮食生态位。一个著名的例子是沙漠木蜥，由于其肠道内拥有某些微生物，它能够安全地摄食剧毒的植物。考拉也会食用一种特殊的食物——桉叶，这可能是由于它胃肠道中的细菌可以解毒。