具有典型尿路感染的临床表现和尿细菌学检查阳性者易于诊断但不典型的尿路感染病例则容易误诊造成误诊的主要原因是，对本病的复杂性多样性认识不足未能及时进行实验室检查或有时未准确了解，实验室检查的意义在临床上不典型的尿路感染占有相当大的比例。因此，对于这类患者进行鉴别诊断是重要的本病主要应与尿道综合征肾结核肾小球疾病前列腺炎尿路结石发热性疾病腹部器官炎症等鉴别。

　　1、发热性疾病：有部分急性尿路感染的病人以发热为主症尿路刺激症状不明显易与发热性疾病如流感上呼吸道感染疟疾败血症等混淆但若能详细洵问病情不疏漏尿路感染的局部症状并及时查尿沉渣甚至作尿细菌学检查则鉴别诊断不难。

　　2、腹部器官炎症：有些尿路感染病例主要表现为腹痛恶心呕吐发热血白细胞数增高易误诊为急性胃肠炎阑尾炎附件炎等若能及时查尿易于鉴别。

　　3、尿道综合征：在有尿道症状的妇女中约70%的患者有脓尿和细菌尿为真性尿路感染而另外30%的患者不是真正的尿路感染而属于尿道综合征这类病例在临床上常常容易被误诊为尿路感染。

　　4.尿路感染还应与肾结核肾小球肾炎前列腺炎等疾病鉴别。