韩国2000年发病率为73.7/10万，2017年增加到191/10万。国内川崎病患儿的发病率亦不断增多，且存在一定的地区差异性，北京市1995年发病率为18.2/10万，2004年增加到55.1/10万；上海市1998年发病率为16.8/10万，2017年增加到104.6/10万。

江苏省（1993～1997年）、广东省（1995～1999年）发病率明显低于上海市（1998～2002年）、北京市（2000～2004年）。川崎病具有明显的季节性，我国北京、上海、珠海等地以春季、夏季多发；韩国以夏季多发，英美及澳大利亚则以冬春季多发。

川崎病患儿全年均有发病，春季及夏季多发，主要分布在4～8月，这与我国北京、上海地区季节分布类似。推测川崎病的季节分布可能与感染有关，川崎病春夏季节高发，与许多呼吸道、肠道感染，尤其是病毒感染发病季节相似，提示季节波动可能与感染相关。

川崎病同样具有年龄性别差异，英国2013～2015年川崎病住院患儿以4岁以下多见，男女比例1.51∶1；日本2015～2016年川崎病发病率以9～11月龄儿童最高，男女比例1.34∶1，我国上海、北京地区5岁以下川崎病患儿多见，男多于女。

川崎病的发病呈单峰型年龄分布，1～3岁为发病高峰，然后随着年龄的增长发病率逐渐下降。这可能是因为1岁以内婴儿体内的母体抗体较高，不易患病，1～3岁母体抗体逐渐降低，成为发病高峰，后期患儿免疫系统逐渐发育完善，使得川崎病的发病率逐渐降低。