1一般治疗
1.1 休息，镇静，进易消化、少纤维的全流或半流饮食。
1.2 纠正水、电解质平衡紊乱。
1.3 加强支持疗法，可用复方氨基酸，血浆等。
2 药物治疗
治疗目的应尽快促使症状和粘膜炎症消失、控制急性发作、延长缓解期、减少复发、防止严重并发症。
治疗包括饮食调节，改善全身状况，解除精神因素及对症治疗等，目前柳氮磺胺吡啶、皮质类固醇仍为西医治疗溃结的主药，中医中药治疗溃结有特效、高效、速效、无毒副作用、简便易廉的特点，甚至可使西医看来需要手术的病人免于手术，有很大的潜力和光辉的前景。
2.1 西药治疗：
2.1.1 腹痛 慎用阿托品或普鲁苯辛。剂量宜小以免发中毒性巨结肠的可能。
2.1.2 水杨酸偶氮磺胺吡啶(SASP)或5氨基水杨酸(5 ASA)*。轻症病人首选以上各一药，发作期 SASP 4—6g/天，分四次口服，或5一ASA 0.5g，每天三次，缓解后减量，维持。
*磺胺吡啶(Sulfasalazine, SASP)是目前治疗溃结最常用的药物，适用于轻、中度或慢性期患者，一般为口服，3g/d，口服后，它在肠道大部分并不吸收，而被肠菌代谢成磺胺吡啶(SP)与5-氨基水杨酸(5-ASA)，后者可通过干扰炎症递质前列腺素的合成而发挥对溃结的治疗作用。 该药疗效及副反应与用量成正比，服药4g/d以内，有效率不及50%，约有10%～15%患者因副反应停药，服药超过4g/d以上，好转率提高、复发率降低，但副作用可达37.5%，主要副作用为头痛、恶心、皮疹、贫血、骨髓抑制及可逆性生育能力丧失。 5-ASA有治疗功效，而SP与该药副作用有关，但仅服5-ASA在上消化道即被吸收，无足量药物到达结肠而难以奏效。
为减少SASP副作用，20世纪80年代欧美学者对5-ASA产生浓厚兴趣，并致力于5-ASA的各种缓释剂型的研究，采用高分子材料膜包裹5-ASA微粒压片，服后到结肠释出5-ASA，发挥疗效。因此国外许多新型的5-ASA制剂竟相问世。 如：①潘他沙(Pentasa)：是用乙基纤维半透膜作外衣的5-ASA缓释片，0.5g/片，3次/d，6wk 1疗程。②亚沙可(Asacol)以丙烯酸树脂为包膜5-ASA，对维持溃结缓解有效。 ③奥沙拉嗪(Olsalazine)：用偶氮键取代SP，结合两个5-ASA，(1.5～3)g/d口服. ④美沙拉嗪(mesalamine)：为将5-ASA包裹于PH敏感缓释基质内的制剂。 可口服、灌肠及栓剂使用，栓剂500mg，2次/d，灌肠剂，(2～4)g/d，对直肠炎及远端结肠炎的治疗及维持缓解有较好疗效。 ⑤聚氨基水杨酸(Poly-s-ASA)，是一种口服的5-ASA聚合物，可用于对SASP有过敏或不能耐受的轻、中型溃结患者。
5-ASA与SASP一样都具有治疗和预防复发作用，不同的是，患者对大剂量的新剂型5-ASA有较好的耐受性，使其在病变复发的预防上较SASP有优势。 新制剂虽对病情有所控制，副作用较少，但仍不能根治。
2.1.3 5一氨基水杨酸栓剂(5一ASA)，每天塞肛一次，用于病变局限于直肠者。
2.1.4 肾上腺皮质激素*，用于重症和暴发型患者，可选用：
①强的松(Prednisone) 10一15mg一天4次口服。
②氢化可以松200 300mg静滴，病情控制后逐渐减量。
③病变局限于远端结肠者，可用琥珀酸氢化可的松100mg或地塞米松与5mg加盐水100ml，保留灌肠，每天一次。
*肾上腺皮质激素 激素是治疗急性暴发型和重度溃结患者的首选药物，有抑制肠道炎症及合并的其他全身症状的作用，一般用强地松40mg～60mg/d，分3～4次口服或氢化考的松100mg加0.9%生理盐水灌肠，症状好转即应减量至停药，长期应用易产生副作用且不能防止复发，一般每周减5mg～10mg，直至20mg/d，然后再以2.5mg/wk的剂量减量。 急性重症溃结时可用氢考(300mg)，强的松龙(60mg)或甲基强的松龙(48mg)等分次静注， 但不能维持长期缓解。 低血钾是皮质类固醇的特别重要的副作用。 近年新型制剂：布地奈德(budesonide)、巯氢考的松(tixocortol pivalate)、丙酸倍氯米松(Beclomethesone dipropionate)无全身副作用。 泡沫剂(foam)氢化考的松5mL直肠注入对急性期远端溃结治疗有效。
2.1.5 硫唑嘌呤*仅用于慢性持续性或复发性病例，每日1.5mg/公斤体重，多与皮质激素联合用药。
*免疫抑制剂 硫唑嘌呤或6-巯基嘌呤等对SASP和激素治疗无效的溃结均有一定疗效，然而，停药后复发率高，而且长期使用副作用较大，对肝、肾及骨髓有一定的毒性，也有发生感染和癌症的危险。
2.1.6 并发感染可使用β— 内酰胺类或氨基糖苷类抗菌素，亦可应用灭滴灵0.2g每天4次，黄连素0.3g每天3次。