Weiguo Cui团队先前的研究及其他团队研究发现，在慢性感染和肿瘤微环境中，耗竭T细胞并非是一个统一的群体，依据细胞的功能和基因组的差异，主要可分为三个亚群：保持休眠的干细胞样祖细胞 (progenitor T cell, TPRO)，终末耗竭性t细胞(exhausted T cell, TEXH)，和具有一定细胞毒性的效应性T细胞 (effector T cell, TEFF)。祖细胞可以进一步分化为终末耗竭性T细胞，或者效应性T细胞【3-9】。在慢性感染和肿瘤中的研究表明，祖细胞和效应T细胞的数量和免疫治疗效果成正比【9-11】。因此，了解T细胞亚群分化的过程及其调控机制，为免疫学家编辑T细胞运用于临床慢性感染和肿瘤免疫治疗提供了更多的机会。

基于耗竭T细胞的命运难以被逆转的事实，寻求调控祖细胞向效应性T细胞分化为免疫治疗慢性感染和癌症提供了新思路。然而，哪些调节因子和信号通路调控祖细胞向效应性T细胞分化目前并不清楚， 是领域内亟需回答的问题。

Weiguo Cui团队MCW微生物与免疫系的在读博士生陈瑶及其同事揭示了,在慢性感染病毒感染过程中，BATF是祖细胞向效应性T细胞分化的必要转录因子。

他们首先使用了SCENIC分析方法从单细胞RNA-seq数据中推断出了各T细胞亚型的基因调控网络。其中包括已知功能的转录因子，例如TCF-1调控祖细胞， Maf，Eomes，Nr4a调控耗竭T细胞。这些发现印证了SCENIC推断的有效性。更重要的是他们发现了许多可能调控效应T细胞的转录因子。这些发现为调控三群细胞的分化提供了许多新的靶点。

随后他们把重点放在解析这三群细胞的表观遗传特征。因为表观遗传景观直接决定了基因表达的活性，从而决定细胞分化的方向和逆转命运的可能性。他们用流式细胞仪分离了三群细胞 （TPRO， TEXH，TEFF），然后采用了CUT&Tag-seq（类似于传统CHiP-seq）和ATAC-seq检测了在各个细胞亚型中，基因的启动子（promotor）的活性（H3K27me3 and H3K4me3），强化因子（enhancer）的开放和活性 (ATAC-seq and H3K27ac)。

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